log4Jでのログ出力と標準出力での出力先切り替えについて

Java初心者で、質問の文章もおかしいかと思いますが、なにとぞ宜しくお願いします。

現在、カード会社のシステムを構築しています。
log4Jを使用したログ機能と標準出力でファイルに置き換える(System.setOut)
２つの方法でログ機能を実現しています。
標準出力は、System.setOutにより、ファイルに出力されますが、
何かのタイミングでlog4Jを使用したログも出力されてしまいます
全て出力されるわけではなく、プロセス起動時(ワークユニット起動時)の
最初の１回みに出力されるようなイメージです。

このような事象が起きているのですが、何か原因として思いつくところはありますか？
宜しくお願いします。

--環境--
OS Solaris10
JDK 1.7
Interstage