処理が勝手に終了する

卒業研究でWebパックマンをキャプチャして自動でコントロールするプログラムを組んでいます。遺伝的アルゴリズムを使って学習を行っていて、パックマンを200回連続でプレイするように実行しているのですが、100回前後でプログラムが終了してしまいます。エラーメッセージはなく、処理も明らかに途中で終了しているし、フレームも勝手に消えます。
eclipseを使っているのですが、処理時間が長すぎると勝手に終了する設定になっているのでしょうか？もしくはガーベッジコレクションをちゃんと行っていないので落ちてしまっているのでしょうか？伝わりにくいかもしれませんが回答お願いします。