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XSLTを利用したJavaオブジェクトのマッピング

以下の通り、Javaで、XSLT を読み込んでXMLデータの変換を実装しようとしています。
(1) 入力のXMLが2つある場合
(2) 出力の結果をJavaオブジェクトで取得したい

Transform を利用すれば以下の場合につき実装が可能です。
(1) 入力のXMLが1の場合
(2) 出力の結果をファイルに出力

ところが先述の要求はTransformでは実装できません。本件に精通される方がいらっしゃいましたらご教示をお願いいたします。

よろしくお願いします。

【補足】
XMLの入力が2つというのは、XSLTの中でソースにXMLスキーマを2つ設定しています。ターゲットは1つのスキーマです。
また、ソースとなるXMLは当該のXMLスキーマから生成したJavaオブジェクトに値を格納してXMLシリアライズしたものです。

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