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log4Jでのログ出力と標準出力での出力先切り替えについて

Java初心者で、質問の文章もおかしいかと思いますが、なにとぞ宜しくお願いします。

現在、カード会社のシステムを構築しています。
log4Jを使用したログ機能と標準出力でファイルに置き換える(System.setOut)
2つの方法でログ機能を実現しています。
標準出力は、System.setOutにより、ファイルに出力されますが、
何かのタイミングでlog4Jを使用したログも出力されてしまいます
全て出力されるわけではなく、プロセス起動時(ワークユニット起動時)の
最初の1回みに出力されるようなイメージです。

このような事象が起きているのですが、何か原因として思いつくところはありますか?
宜しくお願いします。

--環境--
OS Solaris10
JDK 1.7
Interstage

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本当にカード会社のシステムなんぞ構築中なら、こんなオープンなところで質問しちゃいけない。
それがどこのシステムか、特定できなくても問題になる可能性があるぞ。
というか、別に業種を問わず、まずは現場で解決すべき話だろう。それで給料をもらってるんだから。

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