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pdbファイル

こんにちは。バイオインフォマティクスを勉強しています。質問なのですが、今pdbファイルから原子間距離などを求めたいのですがいちいちテキストファイルにしてから座標を取り出しています。他に方法はないでしょうか。あとBIOjavaを入れているのですが、グローバルにpdbファイルを取得するようなクラスはあるのでしょうか?(例えばpdbIDを入れるとそのタンパク質のpdbファイルを取ってくるようなクラス。GENBANKでいうGenbankSequenceDBのようなもの。)

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